Anunciado durante a Tokyo Game Show em 2003, Mega Man X Command Mission pegou muitos de surpresa, afinal seria a primeira vez que um game da série X mudaria de estilo, passando de um action game para um RPG. As primeiras impressões dele não foram muito boas, afinal a sombra de Mega Man X7 ainda pairava no ar. Cerca de um ano após o anúncio, MMXCM foi lançado e para surpresa de muitos, o game é muito bom!
Na parte gráfica, os personagens eram vivos em relação ao cenário (coisa que não aconteceu com MMX7) devido a fluidez dos movimentos e aos excelentes efeitos de sombra, sem contar os personagens que são muito bem trabalhados. Os efeitos sonoros lembram muito os games antigos da série, assim como as músicas que tem aquele bom e velho metal característico. A parte ruim mesmo foi a dublagem americana que pecou muito, diria até que foi amadora em alguns aspectos, como por exemplo, o "Here goes nothing" ou o "I did" do X. Como o game se trata de um RPG, logo alguns aspectos, como, a história e o tempo de jogo são pontos importantes para o título e nesse quesito, MMXCM se saiu muito bem. A história gira em torno de uma ilha artificial chamada "Gigantis" onde é feita a extração de um mineral chamado "Force Metal", depois de um tempo, o "LIBERION" (grupo liderado pelo General Epsilon) começou uma revolução no local e a equipe dos Maverick Huntes é chamada para dar um jeito na situação. O game tem ao todos dez capítulos e conforme o jogador avança, mais personagens vão entrando para a equipe, fazendo com que a história evolua de forma esplêndida. O sistema de batalha é o clássico dos RPGs, ou seja, o de turno, onde o jogador poderá ver quem será o "próximo" a atacar. Os personagens possuem movimentos chamados "Hiper Modes" (que tem uma contagem de turnos para ser realizado) e "Action Triggers".
Mega Man X Command Mission pode não ser um "Dragon Quest", mas a diversidade dos personagens aliada a uma boa história, fazem desse game um dos melhores do "bombardeiro azul".