Wily Machine 11: No começo da batalha, o vilão irá ficar disparando mísseis contra o azulão tanto por cima quanto pela frente ou ainda virá rapidamente pra cima dele (use dash para desviar). Para atingi-lo, pule sobre um míssil e dispare com a Mega Buster carregada , Acid Barrier ou Chain Blast em direção ao olho. Quando você tiver causado mais de 50% de dano (a janela do Dr. Wily irá quebrar), a Wily Machine irá ficar sobre duas engrenagens e além de mísseis, irá disparar uma bola de plasma (com a logomarca do cientista), porém a única forma de acertá-lo continua sendo a janela onde Wily está. Com a ajuda do Rush Coil mais Speed Gear, você poderá atingi-lo com a Mega Buster carregada, já com as outras armas, terá que usar um míssil para isso (usando a Speed Gear fica mais fácil), sendo que os baixos e os muito altos não poderão te ajudar. Repita os procedimentos até derrotá-lo.
Wily Capsule: Dr. Wily usa um escudo de engrenagens e para acertá-lo (com a Scramble Thunder ou Acid Barrier) é recomendado que você use o Speed Gear. Conforme a luta avança, ele vai disparar contra Mega Man uma sequência de engrenagens (que dá para desviar com dashs e pulos) e vai usar seu próprio Double Gear System. O Power Gear de Wily dá a sua nave um poderoso sistema de escudos (use o Speed Gear e fique dando dashs por baixo dele para escapar), já o Speed Gear fará com que ele fique girando pela tela (imitando um ponteiro de relógio) disparando engrenagens energizadas. Tome cuidado quando você tiver causado mais de 70% de dano, pois o vilão irá acionar o Double Gear propriamente dito e a partir desse momento ele energizará e virá rapidamente na direção do nosso herói! Use e abuse do Speed Gear para escapar de suas investidas e procure acertar a nave sempre que possível.
